En la Reserva de Biosfera del Manu (RBM), la Zona Núcleo corresponde al Parque Nacional del Manu, con una extensión de l'692,137.26 ha, y está destinada a la protección y sólo permite investigaciones antropológicas y biológicas que se limiten a la observación de la vida y procesos ecológicos en su forma natural.

Aquí se encuentra la Estación Biológica de Cocha Cashu, uno de los centros de investigación más importantes de los bosques tropicales. Aunque el ingreso está limitado a los investigadores, el área mantiene una población humana de aproximadamente 1,000 indígenas amazónicos de diversas etnias, además de unos 200 pobladores quechuas en la zona de Callanga. En esta zona también están los indígenas en aislamiento (sin contacto con la sociedad mayor).

La Zona de Amortiguamiento, constituyen las todas tierras privadas, comunales, concesiones o de otra naturaleza de uso que bordea al Parque Nacional del Manu; en este ámbito se practica la conservación, manejo de recursos, tratando de amortiguar todo impacto en el zona núcleo.

La RBM, ha sido reconocido por la UNESCO en 1977, en una extensión de aproximadamente 1 millón 800 mil hectáreas, hoy la gente local entendiendo su gran importancia como modelo de conservación y desarrollo esta solicitando su ampliación a mas de 6 millones de hectáreas, donde se incluye la Reserva Comunal Amarakaeri como un área natural protegida de uso directo más importante.