Federación Nativa del río Madre de Dios y Afluentes (FENAMAD)
      FENAMAD es una organización representativa de los pueblos y comunidades indígenas de Madre de Dios y Cusco tiene como objetivo principal la defensa de los derechos fundamentales colectivos e individuales de los pueblos indígenas del río Madre de Dios y afluentes, así como la promoción del desarrollo socioeconómico de las comunidades nativas de Madre de Dios.

IBIS
     IBIS es el nombre una ONG (organización no gubernamental) danesa llamada así por el pájaro Ibis. Promueve la auto-ayuda y el apoyo a comunidades indígenas en sus esfuerzos para lograr un desarrollo socio-económico sostenible.

Ejecutor de Contrato de Administración ECA-RCA
     Es una asociación sin fines de lucro, que se constituye en el marco de la ley de las áreas naturales protegidas del Perú, a través Régimen Especial para la administración de las Reservas comunales, esta conformada por los representantes de las comunidades locales beneficiarias de la Reserva Comunal Amarakaeri, su función principal es ejercer las funciones de administración y manejo de RCA en base a su plan maestro.

Consejo Harakmbut Yine y Matsiguenka (COHARYIMA)
     Es una organización indígena base de FENAMAD que representa a las comunidades asentadas en la parte alta y media del río alto Madre de Dios.